Storyboard IDをViewControllernに指定しておくと、コードからインスタンスを生成できます。UINavigationControllerでroot view controllerを差し替える時に使ったりします。

Storyboard IDを指定する

コードでインスタンスを生成したいViewControllerを選び、右上のIdentity inspectorを開きます。ここにStoryboard IDを指定する箇所があるので、IDをつけます。

インスタンスを生成する

UIViewControllerクラスにはstoryboardフィールドがあるので、これ経由でインスタンスを生成します。

var nextViewController : AnyObject? = 
    self.storyboard!.instantiateViewControllerWithIdentifier("mainList");